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Un manifestant à Lyon contre l'obligation vaccinale pour les personnels soignants, le 14 septembre 2021 © AFP JEFF PACHOUD

L'obligation vaccinale contre le Covid-19 est entrée en vigueur mercredi pour 2,7 millions de professionnels : hôpitaux, maisons de retraite, soignants libéraux, aides à domicile, pompiers, ambulanciers, mais une petite minorité n'a toujours pas reçu de première dose.

L'ultimatum a expiré. Deux mois après son annonce par Emmanuel Macron, l'obligation vaccinale s'applique à tout le système de soins, au sens large.

Les personnels ne pouvant justifier d'une première injection, d'une contre-indication vaccinale ou d'une contamination récente « ne peuvent plus exercer leur activité », selon la loi du 5 août.

Pour les salariés concernés, cela doit se traduire par la suspension immédiate du contrat de travail, sans rémunération - à moins d'utiliser des jours de congés pour retarder l'échéance.

Combien seront-ils dans ce cas ? Des milliers sans doute, même si les estimations varient du simple au décuple selon les sources. D'après Santé publique France (SpF), qui se base sur des échantillons de l'Assurance maladie, au 12 septembre 89,3% des soignants avaient reçu au moins une dose dans les structures accueillant des personnes âgées dépendantes (Ehpad, USLD).

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Comparaison de l'évolution de la part de la population ayant reçu au moins une dose de vaccin contre le Covid-19 au Royaume-Uni, en Espagne, en Allemagne, en Italie et en France depuis le 1er janvier, selon un comptage de l'AFP à partir des bilans fournis par les autorités. © AFP Kenan AUGEARD

« Il y aura peut-être 1% à 2% de suspensions », estime pourtant Florence Arnaiz-Maumé, secrétaire générale du Synerpa, qui représente les Ehpad privés. Rapporté aux « 300 000 à 350 000 salariés » du secteur, « on peut s'attendre à environ 3000 contrats de travail suspendus dans les prochains jours », d’après son estimation.

Dans les établissements de santé, où SpF dénombrait 88% de primo-vaccinés au 7 septembre, « on sait qu'on sera quelque part entre 1% et 2% de personnes pas du tout vaccinées », pronostique le directeur de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Martin Hirsch.

Sur un million d'agents des hôpitaux publics, « on trouvera évidemment quelques centaines ou quelques milliers de réfractaires », commente le président de la Fédération hospitalière de France (FHF), Frédéric Valletoux.

Quelques centaines de personnes se sont rassemblées devant le ministère de la Santé, les sièges d'agences régionales de santé (ARS) ou leurs centres hospitaliers à l'appel de la CGT mardi. Pour son secrétaire général Philippe Martinez « ça va être le bazar », car dans ces secteurs en tension « même avec 5% de personnel en moins ça ne tourne plus ».

Redoutant des « situations ingérables », avec des sanctions entraînant « des fermetures de lits et de services », FO-Santé a réclamé « un délai supplémentaire », comme pour les départements d'outre-mer durement frappés par la quatrième vague épidémique.

Une requête balayée par le gouvernement, qui affiche sa fermeté : "Nous ne reculerons pas", a prévenu le Premier ministre, Jean Castex.

À partir du 15 octobre, un « schéma vaccinal complet » sera requis.