Depuis plusieurs années, une infection mystérieuse décime le tilapia, un poisson d’eau douce particulièrement prolifique. Entraînant une mortalité massive chez les populations sauvages, elle affecte également les poissons d’élevage, notamment en Israël, et plus récemment en Équateur et en Colombie. Pour répondre à cette menace tant sanitaire qu’économique, une équipe internationale, associant l’école Mailman de l’université de Columbia à New York et l’université de Tel-Aviv, s’est penchée sur le problème et a identifié le responsable de l’épidémie. Selon les résultats publiés dans la revue Mbio, il s’agirait d’un virus inconnu jusqu’à présent. 

« Poulet aquatique »

Le tilapia, source de protéines alimentaires bon marché, est le poisson le plus consommé au monde. Surnommé le « poulet aquatique », il est la deuxième espèce pour l’élevage au niveau mondial, après la carpe. Selon des chiffres datant de 2009, le tilapia est produit dans plus de 75 pays, notamment en Asie, en Amérique latine et au Proche-Orient. Avec plus de 225 000 tonnes de ce poisson consommées par an, les États-Unis en sont les plus gros importateurs. Quant à la production mondiale, elle est estimée à 4,5 millions de tonnes pour un chiffre d’affaires d’environ 7,5 milliards de dollars.

Un mal mystérieux

En 2009, les tilapias sauvages du Kinneret (également appelé lac de Tibériade ou mer de Galilée) en Israël sont victimes d’une mortalité massive et inexpliquée pouvant aller jusqu’à 85 %. Les fermes d’élevage sont également atteintes avec des pertes de 20 à 30 % dans les étangs. La situation préoccupe les scientifiques israéliens, d’autant qu’au-delà de son poids économique dans le pays, ce poisson possède une forte valeur symbolique, l’espèce étant la même que celle pêchée par l’apôtre Pierre. Parasites, toxines, bactéries, virus connus, les causes habituelles de mortalité sont passées au crible, sans succès. Bien que le poisson y résiste particulièrement bien, les chercheurs suspectent une infection virale. Pour vérifier l’hypothèse, ils effectuent des prélèvements de tissus sur les poissons atteints en Israël, mais aussi en Équateur où deux ans plus tard une mortalité similaire est observée dans des étangs aquacoles.
Partant de la piste virale, les scientifiques procèdent alors à un séquençage à haut débit de l’ADN et de l'ARN pour déterminer la présence et identifier l’éventuel virus. « La technique générant des centaines de milliards de séquences, les chercheurs commencent par éliminer toutes celles qui appartiennent à l’hôte, en l’occurrence au tilapia, puisque l’on possède le génome presque complet », explique Jean-Christophe Avarre, responsable de l’équipe « Diversité ichtyologique et aquaculture » de Institut des Sciences de l’Évolution (ISEM) de Montpellier. Objectif : mettre de côté un maximum de séquences pour ne garder que celles sans similarité avec le génome du tilapia.  Mais les résultats se révèlent surprenants. Les 10 segments ARN obtenus ne correspondent à aucun virus connu. Seule une toute petite portion d’un segment peut être associée à une famille de virus de la grippe C appelé orthomyxovirus et qui provoque les symptômes du rhume chez l’homme. L'équipe utilise ensuite la spectroscopie pour caractériser les protéines de ce nouveau virus. Non répertorié dans les bases de données, il est baptisé Tilapia Lake virus ou TilV. 

Les virus des deux souches – celles d’Israël et celles d’Équateur – sont très semblables. 98 % de leurs séquences étant identiques, ils partagent vraisemblablement une même origine. Reste à savoir comme le TilV a pu traverser l’Atlantique.

Une menace toujours présente


Si le mystère est résolu, la menace d’une propagation à grande échelle est toujours présente, fragilisant potentiellement la production mondiale. « Nous ne comprenons toujours pas bien sa biologie, avertit le premier auteur de l’étude Eran Bacharach, virologue moléculaire à l’université de Tel-Aviv. Il va falloir comprendre son cycle de vie, ce qui déclenche sa létalité, comment il se réplique, la façon dont il se dissémine géographiquement. C’est désormais l’enjeu », complète Jean-Christophe Avarre de l’ISEM.

En attendant de nouvelles avancées, le test de diagnostic, élaboré dans la foulée par les chercheurs, va permettre de détecter le virus dans les élevages. Les deux équipes projettent d’ailleurs la mise au point d’un vaccin, et sont déjà à la recherche de partenaires industriels pour le développer.

Le tilapia : un élevage ancien en pleine expansion

Originaire des sources du Nil, le tilapia se divise en de nombreuses espèces – plus d’une centaine – vivant dans des eaux chaudes (15-32 °C), douces ou saumâtres, des pays tropicaux ou subtropicaux. S’adaptant à de nombreux environnements, il est considéré comme invasif. Certaines espèces sont largement exploitées dans le domaine de la pêche, la pisciculture ou l’aquariophilie. L’élevage remonterait à l’Égypte ancienne, il y a 4 000 ans. Mais son exploitation commerciale est plus récente. Elle est lancée en Afrique du Sud par les colons belges et anglais en raison des pénuries de viande dues à la Seconde Guerre mondiale. Puis les scientifiques réussissent à développer des populations de poissons majoritairement mâles à la croissance deux fois plus rapide que celle des femelles. En améliorant leur sélection génétique, ils obtiennent un poisson plutôt résistant aux maladies. Autre avantage, le tilapia se nourrit presque tout seul ! En effet, pour ce omnivore brouteur, nul besoin de farine animale, il dévore phytoplancton, plantes aquatiques, petits invertébrés, détritus… Revers de la médaille, certains aquaculteurs n’hésitent pas à le nourrir avec n’importe quoi. Son élevage particulièrement facile et économique favorise le développement de la production et propulse dès 2004 l’espèce en tête des ventes mondiales dépassant le saumon et la truite arc-en-ciel. Actuellement, les plus gros producteurs sont – dans l’ordre – la Chine, l’Égypte, les Philippines, la Thaïlande, l’Indonésie, le Laos, le Costa Rica, l’Équateur, la Colombie et le Honduras.