Pour connaître l’impact des villes sur la santé humaine, une équipe internationale vient de dresser le tout premier catalogue mondial des « microbiomes urbains ». Il s’agit d’un atlas répertoriant le profil des microbes que l’on côtoie chaque jour dans notre environnement : leur nature, leur caractéristiques fonctionnelles ainsi que leur potentielle résistance aux antimicrobiens.
Près de 5000 échantillons ont ainsi été prélevés dans 60 villes entre 2015 et 2017, dont Marseille, San Francisco, Tokyo et New Delhi. La collecte a eu lieu dans les transports en commun, endroit ô combien symbolique en termes de diversité puisque des millions de personnes s’y côtoient chaque jour. Les chercheurs ont ensuite analysé puis répertorié les séquences ADN des microbes ainsi récoltés.
Bilan ? A l’instar de l’être humain, chaque ville a son propre répertoire microbien ! Car, si une trentaine d’espèces forment une sorte de « tronc commun » à toutes ces villes, la plupart des autres microbes sont spécifiques à un seul endroit.
L’approche des chercheurs a aussi permis de constater que sur les 14 000 espèces recensées, moins d’1/3 étaient déjà connues et présentes dans les bases de données. Des milliers de virus et des centaines de bactéries, ont ainsi été découverts.
De manière générale, il n’y a pas grand-chose à craindre : la grande majorité d’entre eux sont sans danger, voire vivent déjà dans le corps humain.
Néanmoins, l’étude approfondie de leur séquence génétique peut révéler des portions d’ADN typiques de virulence ou de pathogénicité, et nous amener à nous méfier de tel ou tel microbe. Et l’équipe en est convaincue : surveiller la population microbienne en ville est important pour prévenir l’émergence potentielle d’une maladie.
