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Des eaux usées étudiées dans le laboratoire Pherecydes Pharma, à Romainville en Seine-Saint-Denis, le 8 novembre 2021 © AFP/Archives Julien de Rosa

Covid, grippe, bronchiolite : ces trois infections respiratoires aiguës, au centre d’une triple épidémie l’hiver dernier, vont prochainement être sous une surveillance « intégrée » et enrichie de données sur les eaux usées, pour mieux évaluer leur « fardeau », a annoncé jeudi Santé publique France.

Après « une saison dernière marquée par une triple épidémie Covid-grippe-bronchiolite, qui avait succédé à deux ans de pandémie Covid », l’objectif est de « mieux évaluer le fardeau des virus de l’hiver en santé publique et sur le système de soins », a expliqué la directrice générale de l’agence sanitaire, Caroline Semaille, lors d’une conférence de presse.

Non seulement « le SRAS-Cov2 est là pour durer », a noté le directeur des maladies infectieuses Bruno Coignard, mais il y a « besoin d’une approche plus globale » pour estimer l’impact de ces maladies et « aider à la décision, notamment sur l’offre de soins ». A partir de la semaine prochaine, Santé publique France publiera notamment dans un seul bulletin hebdomadaire des données sur le Covid, la grippe et la bronchiolite, auparavant éclatées en trois publications.

Cette surveillance dite « intégrée » permettra d’avoir « une vision globale », mais les bulletins fourniront aussi des informations détaillées sur chaque virus, a précisé Bruno Coignard. De multiples sources, déjà rodées, vont continuer d’alimenter la surveillance des infections respiratoires aiguës : médecins de ville et hôpitaux, laboratoires, etc.

Et cet hiver, « la surveillance virologique va reposer sur un système nouveau de surveillance des eaux usées », baptisé Sum'Eau, a indiqué la directrice générale de SpF. Les données proviendront de prélèvements hebdomadaires d’eaux usées urbaines de stations de traitement réparties dans 12 régions de métropole. Elles permettront notamment d’estimer le nombre de génomes du virus excrété comparé à la population.

Initiée au moment de la pandémie de Covid, la surveillance microbiologique des eaux usées est un outil « complémentaire », ayant l’atout d’être « indépendant des pratiques de dépistage », a noté Damien Mouly, pilote de Sum'Eau.

Ce dispositif va « monter en charge » et le nombre de sites est voué à s’étendre « pour avoir un maillage territorial encore plus fin », peut-être avec une centaine de sites à terme, a-t-il précisé. Dans un premier temps, la surveillance, « éprouvée », va se concentrer sur le SRAS-Cov-2, mais « la recherche et le suivi d’autres agents pathogènes fait partie du déploiement », selon Damien Mouly.