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Si toute l’attention est actuellement focalisée sur la Chine pour déterminer le point de départ de la pandémie de Covid-19, l’Afrique a beaucoup à dire – et à faire – en matière de gestion des maladies infectieuses d’origine animale. Une jeune chercheuse de l’IRD, Eve Miguel, porte un projet ambitieux pour faire collaborer ensemble sciences vétérinaires, sociologie et écologie au Zimbabwe.

Dans ce pays possédant l’un des écosystèmes les plus riches du continent africain, les épidémies bovines érodent la santé et l’économie depuis près de vingt ans. Alors la chercheuse veut comprendre comment se transmettent les infections, dans un milieu où se côtoient sans cesse faune sauvage et faune domestique. Un véritable laboratoire de la biodiversité, influencé par la présence humaine...

Épisode 10 de la série «La science confinée ».

Selfie d'Eve Miguel, confinée près de Montpellier en avril 2020.

© Eve Miguel

Un brin anticonformiste, la thèse d’Eve Miguel soutenue en 2012 commence par cette fable indienne : « Six hommes, très enclins à parfaire leurs connaissances, allèrent voir un éléphant – bien que tous fussent aveugles – afin que chacun, en l’observant, puisse satisfaire sa curiosité. L’un après l’autre, ils rencontrèrent un aspect saillant de l’anatomie de l’animal. Le premier buta dans le large flanc du pachyderme et en déduisit qu’il s’agissait d’un mur. Le second palpa une défense et jura que l’éléphant avait une forme de lance. Le troisième saisit la trompe, un autre encore tripota une oreille et le sixième chercha à tâtons et s’empara de la queue qui balayait l’air. “Je vois, dit-il, l’éléphant est comme une corde !” »

Cette parabole hindoue nous rappelle que la réalité étant complexe, aucune affirmation simple ne peut l’exprimer totalement. Et cette morale, Eve l’a faite sienne. Débarquée pour la première fois au Zimbabwe en 2006 pour son master, Eve Miguel défriche à l’époque ce qui deviendra son terrain d’étude privilégié, en présence de nombreux chercheurs favorables à la multidisciplinarité. Écologue spécialisée en parasitologie, elle s’intéresse aux zoonoses. Mais comme ceux qui l’ont formée, elle veut aussi prendre en compte l’influence humaine sur les écosystèmes, dans un contexte d’effondrement de la biodiversité et de changement climatique.

Conséquence : la chercheuse a dû affronter un parcours du combattant pour faire accepter son projet baptisé « HUM-ANI ». « Ça faisait sept ans que je le soumettais à tous les appels à projet, sans succès malgré le fait que le sujet soit reconnu d’intérêt et d’actualité. »  In extremis, avant de tout laisser tomber pour partir vers d’autres horizons de recherche, elle reçoit fin 2019 le financement du programme Climate & Biodiversity Initiative de la fondation BNP Paribas, lui permettant de mener ses travaux à plus grande échelle. Pour le moment, patience, car la plupart des laboratoires du Zimbabwe sont suspendus aux évolutions de la pandémie de Covid-19, où une trentaine de cas sont signalés à ce jour. Or le pays peine déjà à se débarrasser de plusieurs zoonoses d’origine bovine.

Eléphant de savane Africaine Loxodonta africana traversant la rivière dans le Parc National de Mana Pools au Zimbabwe, 2012

Eléphant de savane africaine (Loxodonta africana) traversant la rivière dans le Parc National de Mana Pools au Zimbabwe, 2012 © Eve Miguel

Avec le réchauffement climatique, la question des maladies animales transmissibles à l’Homme prend une nouvelle tournure. En Afrique australe, les températures augmentent plus rapidement que la moyenne mondiale. La biodiversité végétale de cette splendide savane souffre durement. « En 15 ans, j’ai été témoin de l’aridification au Zimbabwe. Les sécheresses et les inondations sont récurrentes, les cycles saisonniers sont complètement perturbés… Mes amis sur place me disent que le changement climatique finira pas les faire partir », déplore la scientifique. Et on ne peut pas dire que le siècle et demi de politique internationale de conservation de l’environnement ait porté ses fruits. Selon une recherche britannique publiée en 2010, l’abondance des grands mammifères en Afrique a décliné de 59 % entre 1970 et 2005, principalement du fait du braconnage et de la déforestation.

Alors l’Afrique change de stratégie. Les gestionnaires des zones de conservation misent aujourd’hui sur la coexistence « de l’homme et de la nature », notamment par la création de grands parcs transfrontaliers où la porosité entre zones protégées et zones communales a augmenté. Au sein de ces socio-écosystèmes, comme les désigne Eve Miguel, la tendance est aux interactions durables entre l’homme et la nature. « Mon intérêt pour les aspects sociaux est arrivé au fur et à mesure de ma thèse, car on s’est rendu compte que l’action humaine modulait fortement les interactions entre les espèces et, par conséquent, le risque infectieux. »

Couché de soleil à Magoli, village frontalier du parc national de Hwange au Zimbabwe

Coucher du soleil à Magoli, village frontalier du parc national de Hwange au Zimbabwe © Eve Miguel

Et pour matérialiser un tel travail d’investigation, la recherche franco-zimbabwéenne a tissé d’étroits partenariats avec les universités du pays, les parcs nationaux, les services vétérinaires, le CNRS, le Cirad et plus récemment, avec l’IRD. Depuis dix ans, les données récoltées dévoilent peu à peu les récits de transmission de certaines maladies.

Eve Miguel et Alexandre Caron écologues de la santé à l’IRD et au CIRAD respectivement, tentent de télécharger les données des colliers GPS déposés sur des buffles africains dans le parc national du Gonarezhou, 2010. Le signal est recu via une antenne qui peut être déployée à plusieurs centaines de mètres de l’animal équipé.

Eve Miguel (IRD) et Alexandre Caron (Cirad), écologues de la santé, tentent de télécharger les données des colliers GPS déposés sur des buffles africains dans le parc national du Gonarezhou, 2010. Le signal est reçu via une antenne qui peut être déployée à plusieurs centaines de mètres de l’animal équipé © Michel de Garine-Wichatitski

La vache qui aimait trop les jeunes pousses

Depuis 2000, à la suite d’une réforme agraire ayant poussé de nombreux fermiers à l’exil, le pays a perdu l’autorisation de vendre sa viande bovine, et son économie déjà fragile a sombré. Mais l’élevage persiste, principalement à travers l’agriculture de subsistance qui a notamment augmenté aux abords des zones protégées.

Les travaux de thèse menés par Eve Miguel en 2010-2011 ont été réalisés en partie à la périphérie nord du parc national de Hwange, l’un des plus grands sanctuaires naturels africains. Niché à quelques encablures des mythiques chutes Victoria, cet immense paradis pour adeptes de safaris regorge (encore) d’éléphants, de girafes, d’oiseaux et de grands carnivores. Le parc de Hwange est dépourvu de clôtures. Il s’avère donc très perméable aux mouvements des animaux sauvages et domestiques.

Agriculture de subsistance au Zimbabwe : le vacher dirige son troupeau vers la rivière du Limpopo au nord du parc national Kruger à la frontière avec l'Afrique du sud pour qu’elles puissent s’abreuver.

Agriculture de subsistance au Zimbabwe : le vacher dirige son troupeau vers la rivière du Limpopo au nord du parc national Kruger à la frontière avec l’Afrique du Sud pour qu’elles puissent s’abreuver © Alexandre Caron

« Durant une année, nous avons équipé 21 vaches et 15 buffles de colliers GPS pour suivre leurs déplacements et identifier la fréquence de leurs contacts, explique la chercheuse. Le buffle africain est une espèce sauvage autochtone, et constitue le réservoir de nombreuses maladies animales, dont la fièvre aphteuse. Ces maladies peuvent aussi être zoonotiques, c’est-à-dire transmissibles de l’animal à l’Homme, comme la tuberculose bovine ou la brucellose [chez l’animal, la maladie se manifeste surtout par des avortements, alors que chez l’humain, il s’agit d’une fièvre avec complications articulaires ou neurologiques, NDLR]. »

Sur les différents sites étudiés – dans et autour des parcs nationaux –, l’équipe de recherche a obtenu des variantes de taux de contact entre animaux domestiques et sauvages. Certains se côtoyaient beaucoup plus fréquemment en saison sèche, par exemple, autour des points d’eau, indiquant le rôle crucial de cette ressource dans les rencontres animalières. « Par contre, dans les secteurs davantage exploités par l’Homme, on s’est rendu compte qu’il n’y avait pas du tout le même modèle de mouvement. Bizarrement, en saison des pluies, les vaches s’aventuraient énormément dans le parc naturel. Elles y passaient tout de même jusqu’à 20 % de leur temps ! »

L’entrée dans les parcs nationaux est réprimée toute l’année au Zimbabwe. Seules les forêts protégées qui le bordent sont accessibles, pour la collecte du bois mort et pour y laisser pâturer les animaux sur une zone tampon d'environ 3 kilomètres. Les troupeaux de bétail sont censés être conduits par leurs propriétaires vers les zones de pâturage et les points d’eau. Et la nuit, ils sont généralement confinés dans des enclos situés à proximité des maisons.

Rangers du parc national du Gonarezhou au Zimbabwe. Les rangers veillent sur les parcs nationaux notamment dans la lutte anti-braconnage et assurer leurs protection des chercheurs face à la faune sauvage mais partagent également leurs connaissances du milieu.

Rangers du parc national du Gonarezhou au Zimbabwe. Ils veillent sur les parcs nationaux, notamment par la lutte anti-braconnage, et assurent la protection des chercheurs face à la faune sauvage mais partagent également leurs connaissances du milieu © Eve Miguel

« En fin de compte, via des interviews, on a fini par comprendre. Dans ces zones-là, la saison des pluies coïncide avec la période de pousse dans les cultures. Comme les vaches ont tendance à manger les jeunes pousses, il n’y a pas d’autres choix pour les habitants que de presser les animaux vers les abords du parc de Hwange pour protéger les champs. Et cela, en dépit d’un risque important pour l’élevage, car les vachers savent que leur cheptel peut s’infecter, ou même se faire attaquer par les lions, les hyènes, les léopards… ». Bien qu’elle ait conscience des risques encourus à pénétrer dans le parc, y compris pour elle-même, la communauté semble donc opter pour cette solution de compromis.

Jeunes guépards dans le parc national de Hwange.

Jeunes guépards dans le parc national de Hwange, 2011 © Eve Miguel

Autre surprise, les précieuses données des colliers GPS révèlent que cette hausse du taux d’infection ne provient pas d’un contact accru avec la population sauvage réservoir, à savoir les buffles. « Cela nous a amenés à nous poser de multiples questions : est-ce que les vaches s’infectent via d’autres espèces sauvages que le buffle ? Est-ce qu’elles s’infectent via l’environnement ? Est-ce qu’elles s’infectent via des individus auxquels nous n’avons pas mis de colliers ? On sait encore trop peu de choses de l’épidémiologie dans la faune sauvage en général, dans les écosystèmes de savane, mais aussi dans cette région, on ne peut même pas prioriser le risque », alerte Eve Miguel.

Moralité : l’épidémiologie, dans une zone où humains, faune domestique et faune d’élevage cohabitent, est d’une infinie complexité. Les moyens techniques et financiers alloués dans le cadre d’HUM-ANI devraient permettre de continuer de remonter la piste, en augmentant le nombre d’animaux et d’espèces équipés de colliers, en étendant les prélèvements à la salive, aux fèces, ou encore en installant davantage de pièges photographiques dans la nature. Le tout, agrémenté d’un laboratoire mobile pour échanger avec les populations zimbabwéennes.

Alexandre Caron, écologue de la santé au CIRAD, ASTRE, équipe un buffle d’un collier GPS pour pouvoir suivre son déplacement pendant 2 ans. Le collier prendra une position par heure et pourra envoyer les données, quasiment en temps réel via satellites

Alexandre Caron, écologue de la santé au (Cirad, ASTRE), équipe un buffle d’un collier GPS pour pouvoir suivre son déplacement pendant 2 ans. Le collier prendra une position par heure et pourra envoyer les données, quasiment en temps réel, par satellite © Eve Miguel

Il était une fois l’homme dans son écrin de nature…

Mais quel est le rôle exact de la biodiversité, tant discutée depuis le début de la crise du Covid-19 ? Le Zimbabwe peut-il offrir la base d’une méthodologie d’évaluation de ses services  ?

« Ce qui nous intéresse, c’est de savoir si la biodiversité protège ou non du risque zoonotique, mais aussi des maladies animales sauvages et domestiques, surtout dans un contexte d’érosion de la biodiversité. Nous voulons tester les hypothèses de façon empirique, en suivant de nombreuses espèces dans le temps et dans l’espace. »

La crise du coronavirus, avec l’émergence potentielle du virus à partir d’animaux sauvages issus d’un marché chinois, risque d’entraîner une sorte d’aversion généralisée pour certains animaux, au caractère sauvage facilement assimilé dans l’opinion publique à celui de nuisible. La chauve-souris ou le pangolin n’accumulent pas vraiment les « likes » sur les réseaux sociaux…

« J’ai un peu peur des conséquences de cette diabolisation de la faune sauvage sur la gestion des écosystèmes. Le risque zéro n’existe pas et je pense qu’il faut vivre avec. Je le répèterai encore et encore : maladies infectieuses et socio-écosystèmes sont indissociables, et chaque cas est particulier. Il existe des comportements irrationnels au sein des sociétés humaines avec lesquels on doit composer. On ne peut pas décréter du jour au lendemain la fin des marchés d’animaux vivants. Il faut renforcer la formation, la surveillance et réagir vite, se tenir prêt. Ce qui n’était peut-être pas le cas en Europe. Typiquement, lorsque j’ai travaillé sur le MERS-coronavirus chez les dromadaires avec mes collègues du Cirad, nous étions pratiquement les seuls en France à travailler sur cette thématique. À l’université et à l’Institut Pasteur de Hong Kong, cela fait 30 ans qu’ils font référence. L’Asie, qui a affronté le SRAS et d’autres pandémies dans son histoire récente, est certainement mieux préparée à tout ça. »

La pandémie de Covid-19 redistribuera sans doute durablement les cartes – et les crédits de recherche – dans le domaine des maladies infectieuses d’origine animale. Comme Eve Miguel, d’autres chercheurs seront peut-être encouragés à mieux étudier la diversité des contacts entre hommes, faune domestique et animaux sauvages, y compris là où cette cohabitation est présentée sous les meilleurs auspices.

blaireau

Blaireau européen photographié au British Wildlife Centre, à Newchapel en Angleterre. ©Ranveig

Dans les pays occidentaux, la gestion des infections sauvages est tout aussi délicate, même si la population domestique peut aisément y être mise en quarantaine ou vaccinée. Après l’expérience traumatisante de la crise de la vache folle dans les années 1990, le Royaume-Uni a connu deux épidémies de fièvre aphteuse, en 2001 et 2007. Des millions de bovidés ont été abattus et incinérés. Un désastre économique. Actuellement, c’est au tour de la tuberculose bovine, maladie infectieuse transmissible à l’Homme causée par la bactérie Mycobacterium bovis, d'être au centre des préoccupations. En Angleterre, le principal vecteur de transmission est le blaireau.

« Il y a des débats houleux entre les écologistes et les partisans d’un certain radicalisme sanitaire, les premiers voulant conserver les blaireaux et les seconds demandant leur extermination systématique. » Et dans l’agro-industrie, là où l’Homme s’oppose sans doute le plus à la biodiversité, c’est dans l’application massive de la sélection génétique. Cela revient, selon la chercheuse « à fabriquer des bombes à retardement en terme infectieux ». Quand un agent pathogène s’infiltre dans ces populations naïves (qui n’ont jamais rencontré d’antigène), homogènes et sélectionnées, ça peut être l’hécatombe. 

Eve Miguel préconise de réfléchir en priorité aux facteurs de la résilience basés sur la diversité, mais également la relocalisation, simplement pour pouvoir mieux absorber les chocs. La gestion des maladies infectieuses dans la faune sauvage est une question épineuse, où il n’existe pas de solution miracle. Même si elles le voulaient, les autorités britanniques ne pourraient pas se débarrasser de tous les blaireaux. Et surtout, ces stratégies ne sont presque jamais payantes lorsque les connaissances sur l’écosystème sont insuffisantes.

À terme, l’éco-épidémiologiste espère que la recherche pourra fournir des outils de détection et des modèles prédictifs performants, faisant office d’aide à la décision pour les responsables politiques. Pour rappel, les maladies infectieuses tuent 14 millions de personnes par an dans le monde, et selon l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), 60 % des 1400 agents pathogènes humains sont d’origine animale.

Publications d'Eve Miguel : 

  • Miguel, E., et al., Drivers of Foot and Mouth Disease in cattle at wild/domestic interface: insights from farmers, buffalo and lions. Diversity and Distributions, 2017. 23 (9)(9): p. 1018 - 1030.
  • Miguel, E., et al., Potential and practice of wildlife culling for disease control in press Nature communications biology, 2020.
  • Miguel, E., et al., Contacts and foot and mouth disease transmission from wild to domestic bovines in Africa. Ecosphere, 2013. 4(4): p. art51.
  • Miguel, E., et al., Characterising African tick communities at a wild-domestic interface using repeated sampling protocols and models. Acta Tropica, 2014. 138: p. 5-14