8 m de haut ! Il y a 410 millions d'années, d'étranges colonnes géantes dominaient les paysages terrestres. Mais aujourd'hui encore, leur place dans le vivant reste un mystère. Animal, végétal ou champignon ? Cela fait plus de 160 ans qu'elles sont inclassables. Ces organismes portent  un nom, les prototaxites, et d'après une étude récente, ils pourraient appartenir à une branche inconnue du vivant. – La première pensée, ça a été de les interpréter comme étant du bois fossilisé, du bois figé dans en roche. C'est passé par l'algue, c'est passé par différents différents ordres de la lignée verte et récemment, jusqu'à à peu près 20 ans en arrière, c'était considéré comme un champignon. C'est la découverte en Écosse d'un nouveau spécimen dans le chert de Rhynie, une roche très siliceuse qui fige les organismes presque tels qu'ils étaient de leurs vivants, qui va complètement retourner la situation. – Ce qu'on savait déjà, c'est qu'il était constitué de tubes, de plusieurs catégories de tubes. Certaines avec des parois plus épaisses que d'autres. Certains tubes ramifiant de manière très fine. On peut imaginer un plat de spaghettis qui serait enfermé dans une poche et qui se tiendrait jusqu'à 8 m de haut. Donc on est vraiment déjà sur quelque chose d'assez original de prime à bord. Et la question qu'on s'est posée c'était : est-ce qu'on peut prouver cette hypothèse que Prototaxites, c'était des champignons ? En trouvant ce nouveau spécimen, on avait enfin l'opportunité de le comparer avec des champignons préservés au même endroit. Les chercheurs ont pu observer l'intérieur du fossile en 3D et comparer sa composition avec celle des champignons préservés à côté. Résultat, Prototaxites est très différent des champignons connus, qu'ils soient actuels ou disparus. – Donc, il y a trois raisons principales pour laquelle on a conclu que Prototaxites n'était pas un champignon. La première, c'est l'anatomie. En comparant les structures présentes à l'intérieur du fossile, on s'est rendu compte qu'il y avait des ramifications très fines qui sont quelque chose que l'on ne connaît pas chez les champignons. Le second point, ça a été de tester la composition moléculaire de Prototaxites. Ce qui est intéressant, c'est qu'on peut comparer avec les champignons qui sont préservés juste à côté de Prototaxites, dans la même roche, et on s'est rendu compte que c'était des signaux moléculaires totalement différents. Et le dernier point, c'est pousser ces analyses moléculaires un peu plus loin et se demander : est-ce qu'il y a des composés chimiques qui sont caractéristiques des champignons que l'on pourrait trouver dans le chert et pas dans le fossile. Ça s'appelle les biomarqueurs. Par exemple, des animaux sont caractérisés par le cholestérol, et bien les champignons sont caractérisés par d'autres molécules de cette sorte, en l'occurrence une molécule qui s'appelle le pérylène. Et on trouve ce pérylène dans le chert où sont les champignons, mais on ne trouve pas ce pérylène dans le prototaxite. Ces révélations suggèrent que les prototaxites relèvent d'une lignée éteinte d'eucaryotes, ces organismes dont les cellules possèdent un noyau, une catégorie du vivant à laquelle nous sommes rattachés aujourd'hui. Les prototaxites correspondraient donc à une branche de vivant aujourd'hui disparue qui dominait pourtant les paysages il y a plus de 400 millions d'années. – C'est quand même l'organisme le plus grand de cette période. Les plantes ne sont pas plus hautes que la cheville. Ici, on a des toutes petites plantes et cet organisme de quelques centimètres. Mais on est bien avant les arbres, on est bien avant les forêts. On est même bien avant les fougères géantes que l'on rencontre quelques millions d'années plus tard. Donc on a vraiment quelque part ce contraste énorme entre une végétation très basse et ces colonnes potentiellement se dressant au-dessus de tout le reste. Et leur place dans l'écosystème, cela reste un mystère et le sujet de futures recherches. – Maintenant que notre étude a montré que Prototaxites n'était pas un champignon, on peut se tourner vers des questions un petit peu plus précises sur la nature de Prototaxites. Peut-être va-t-on pouvoir s'interroger sur sa nature écologique. Quel était son rôle dans ces écosystèmes-là ? Comment il se nourrissait, éventuellement comment il se reproduisait  et dans un second temps, on peut appliquer les méthodes qu'on a développées pour d'autres thématiques paléontologiques. Par exemple, il se trouve que Prototaxites vivait en même temps qu'une série d'organismes qui sont très similaires à lui de manière morphologique. Et on peut maintenant, en utilisant ces méthodes, se poser la question : est-ce que ce clade fourre-tout, au final, n'est peut-être pas fourre-tout du tout. Du coup, ces organismes ont peut-être un vrai lien de parenté et plus que juste une ressemblance morphologique.